feat(agent): 完成 DeepAgents 0.7 迁移与全仓依赖安全升级

[Yuchuan925]

变更说明

本 PR 完成 xhome #39 所对应的 DeepAgents 0.7 迁移，并对全仓依赖执行分批升级与安全验证。

• 任务类型：architecture
• 目标：
  • 适配 DeepAgents 0.7+（升级至 0.7.7，解除 backend factory 依赖）。
  • 删除 Yuxi 自行维护的 CustomCompositeBackend，改用官方 CompositeBackend。
  • 在 FilesystemMiddleware 中显式限定工具 allowlist，排除未实现且缺少审批设计的 delete。
  • 补齐 ProvisionerSandboxBackend.read() 的结构化分页字段与 grep() 的 max_count/truncated 传播。
  • 适配 SummarizationMiddleware 0.7 签名与 session/media offload 机制。
  • 升级全仓（backend / packages/yuxi-cli / web）可安全升级的依赖。
• 非目标：
  • 不引入全局可变的 backend 实例或共享缓存（仍保持每次 Graph 构造独立 backend）。
  • 不将 Yuxi 装配整体替换为 create_deep_agent（保留 Yuxi 自定义 AgentRun、审批、Steer、Skills 链路）。
• substantial / trivial 判断：substantial（涉及 agent backend/middleware 装配重构、核心依赖升级与决策记录）。

工程主张与 Owner

• 受影响的工程主张：
  • AgentRun 的 backend 实例在每次 get_graph(context) 时构造，并由 FilesystemMiddleware 与 SummarizationMiddleware 共用同一实例，artifacts_root 派生 outputs 前缀。
  • 文件工具通过 allowlist 明确排除 delete；open_kb_document 豁免于 tool result eviction。
  • 依赖漏洞审计 uv audit --locked 保持 0 漏洞。
• Owner / commit point / 观察边界：
  • backend/package/yuxi/agents/backends/composite.py：负责每 Run backend 构造与 FilesystemMiddleware 工具 allowlist。
  • backend/package/yuxi/agents/backends/sandbox/backend.py：负责 read 分页 metadata 与 grep max_count 截断。
  • backend/package/yuxi/agents/middlewares/summary.py：负责上下文压缩与摘要会话隔离。
• 决策记录：docs/develop-guides/decisions/implemented/2026-08-23-deepagents-07-migration.md

验证情况

DeepAgents 0.7+ 正确装配并保持隔离

• 失败面：backend factory TypeError / 跨用户文件串读 / 缺少 thread_id 未报错
• 语义 Owner：yuxi.agents.backends.composite
• 直接证据 / 命令：docker compose exec api uv run --no-sync --group test pytest test/unit/backends/test_sandbox_backends.py -q
• 负向案例：缺少 thread_id 时抛 ValueError；未选择 Skill 不扫描 Skill 目录
• 结果：Passed

上下文压缩与摘要正确派生 outputs 前缀

• 失败面：摘要输出到根目录 / session ID 碰撞 / L1 裁剪失效
• 语义 Owner：yuxi.agents.middlewares.summary
• 直接证据 / 命令：docker compose exec api uv run --no-sync --group test pytest test/unit/middlewares/test_summary_middleware.py -q
• 负向案例：ContextOverflow 回退到摘要并处理 handler 失败
• 结果：Passed

后端全量 Unit 测试通过

• 失败面：依赖升级导致接口不兼容或断言失效
• 语义 Owner：CI / unit test runner
• 直接证据 / 命令：docker compose exec api uv run --no-sync --group test pytest test/unit -m "not slow" -q
• 负向案例：修复初期 21 处断言不匹配
• 结果：Passed (1475 passed, 39 skipped)

工程信任契约与依赖安全审计

• 失败面：依赖漏洞 / 契约失效 / 决策记录格式错误
• 语义 Owner：信任系统
• 直接证据 / 命令：python3 scripts/verify_engineering_contracts.py + python3 -m unittest scripts.test_verify_engineering_contracts + cd backend && uv audit --locked + cd packages/yuxi-cli && uv audit --locked
• 负向案例：0 vulnerabilities, 29 decisions valid
• 结果：Passed

Web 前端构建与测试

• 失败面：js-yaml 5 默认导出缺失 / pinia 4 兼容性 / 构建报错
• 语义 Owner：web/
• 直接证据 / 命令：cd web && pnpm run build && pnpm run test:unit && pnpm run lint
• 负向案例：已修复 js-yaml 5 命名导入
• 结果：Passed (82 unit tests passed)

yuxi-cli 构建与测试

• 失败面：依赖升级破坏 CLI 命令
• 语义 Owner：packages/yuxi-cli/
• 直接证据 / 命令：cd packages/yuxi-cli && uv run --isolated --no-dev --with pytest pytest tests -q
• 负向案例：不适用
• 结果：Passed (90 tests passed)

简化 / 删除验收

• keep/narrow/replace/remove：
  • 彻底删除 CustomCompositeBackend，由官方 CompositeBackend 代替（0.7 已包含路由修复与 truncated 支持）。
  • 删除 _SUMMARY_BACKEND ContextVar，直接使用中间件实例的 self._backend。
  • 删除 _count_request_tokens，委托给父类 _count_tokens。
  • 删除 create_summary_middleware 的手动 prefix 赋值，由 artifacts_root 自动派生。
• 旧能力不存在证据：搜索 CustomCompositeBackend 全仓 0 引用；搜索 _SUMMARY_BACKEND 0 引用。
• 重新引入条件：若官方 CompositeBackend 在未来版本再次引入 route-aware glob 倒退且上游未修复时。

独立语义 Review

已通过全量 unit 回归、契约检查与依赖审计核实；涉及装配重构、沙盒后端、摘要中间件、前端构建与 CLI 测试均全部通过。

未验证范围与风险

• 真实外部沙盒执行（需 Daytona/Docker 运行时，本地单测使用 Mock / ProvisionerSandboxClient 桩代码）。
• 真实多模态大模型线上流式交互（需真实 API Key，已在 unit 中覆盖 mock 流程）。

事故反馈

不涉及。

界面变更

不涉及。

关联事项

• 对应 xhome 任务：feat: 添加测试模型的连接，可以手动测试模型是否可用 #39 [08-19]DeepAgents 0.7 的迁移和调研

补充说明

• 清华源当前最高同步至 deepagents 0.7.7，pyproject.toml 声明 deepagents>=0.7.7,<0.8 以确保国内镜像与 Docker 构建稳定性。
• torch 固定在 2.13.0 + torchvision 0.28.0 配对，与 PyPI 当前发布状态严格一致。