Restore migration handlers and test current locked dependencies

.github/dependabot.yml

@@ -0,0 +1,31 @@
+version: 2
+updates:
+- package-ecosystem: uv
+  directory: /
+  schedule:
+    interval: cron
+    cronjob: 15 5 * * *
+    timezone: Europe/Warsaw
+  open-pull-requests-limit: 1
+  versioning-strategy: increase-if-necessary
+  allow:
+  - dependency-name: costs
+    dependency-type: all
+  - dependency-name: goal
+    dependency-type: all
+  - dependency-name: pfix
+    dependency-type: all
+  - dependency-name: clickmd
+    dependency-type: all
+  - dependency-name: code2llm
+    dependency-type: all
+  groups:
+    internal-packages:
+      patterns:
+      - costs
+      - goal
+      - pfix
+      - clickmd
+      - code2llm
+  commit-message:
+    prefix: "chore(deps)"

.github/internal-dependencies.json

@@ -0,0 +1,35 @@
+{
+  "schema": "goal.internal-dependencies/v1",
+  "packages": [
+    {
+      "name": "costs",
+      "repository": "semcod/costs",
+      "registry": "pypi",
+      "versioning": "semver"
+    },
+    {
+      "name": "goal",
+      "repository": "semcod/goal",
+      "registry": "pypi",
+      "versioning": "semver"
+    },
+    {
+      "name": "pfix",
+      "repository": "semcod/pfix",
+      "registry": "pypi",
+      "versioning": "semver"
+    },
+    {
+      "name": "clickmd",
+      "repository": "semcod/clickmd",
+      "registry": "pypi",
+      "versioning": "semver"
+    },
+    {
+      "name": "code2llm",
+      "repository": "semcod/code2llm",
+      "registry": "pypi",
+      "versioning": "semver"
+    }
+  ]
+}

.github/workflows/ci.yml

@@ -5,29 +5,48 @@ on:
     branches: [main]
   pull_request:
     branches: [main]
+  workflow_dispatch:
+
+permissions:
+  contents: read
 
 jobs:
   test:
     runs-on: ubuntu-latest
+    timeout-minutes: 15
     strategy:
+      fail-fast: false
       matrix:
         python-version: ["3.11", "3.12", "3.13"]
         use-op3: [0, 1]
     steps:
-      - uses: actions/checkout@v4
-
-      - name: Set up Python ${{ matrix.python-version }}
-        uses: actions/setup-python@v5
+      - uses: actions/checkout@v7
+        with:
+          fetch-depth: 0
+      - uses: actions/setup-python@v7
         with:
           python-version: ${{ matrix.python-version }}
-
-      - name: Install uv
-        uses: astral-sh/setup-uv@v5
-
-      - name: Install dependencies
-        run: uv sync --frozen
-
-      - name: Run tests (REDEPLOY_USE_OP3=${{ matrix.use-op3 }})
+      - name: Check out immutable documentation standard
+        uses: actions/checkout@3d3c42e5aac5ba805825da76410c181273ba90b1 # v7.0.1
+        with:
+          repository: wellmanifest/docs
+          ref: ebe7501063ef4f3e63ded610c2d3183010ca636e # v0.1.1
+          path: .docs-standard
+          token: ${{ secrets.ORG_SYNC_PAT }}
+          persist-credentials: false
+      - name: Validate documentation placement
+        shell: bash
+        env:
+          DOCS_BASE: ${{ github.event.pull_request.base.sha }}
+        run: |
+          set -euo pipefail
+          args=(--root . --standard-revision ebe7501063ef4f3e63ded610c2d3183010ca636e)
+          if [[ -n "$DOCS_BASE" ]]; then args+=(--base "$DOCS_BASE"); fi
+          python .docs-standard/docs/standard/check.py "${args[@]}"
+      - run: python -m pip install uv
+      - name: Install locked test dependencies
+        run: uv sync --locked --extra dev --extra op3 --python "${{ matrix.python-version }}"
+      - name: Test supported Python versions
         env:
           REDEPLOY_USE_OP3: ${{ matrix.use-op3 }}
-        run: uv run pytest tests/ tests/contract/ tests/integration/ -v --tb=short
+        run: uv run --no-sync python -m pytest tests redeploy/tests -q

.github/workflows/internal-dependency-freshness.yml

@@ -0,0 +1,36 @@
+name: Internal dependency freshness
+
+on:
+  schedule:
+    - cron: "24 6 * * *"
+  workflow_dispatch:
+  pull_request:
+    paths:
+      - pyproject.toml
+      - uv.lock
+      - .github/internal-dependencies.json
+      - .github/workflows/internal-dependency-freshness.yml
+
+permissions:
+  contents: read
+
+jobs:
+  freshness:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    timeout-minutes: 10
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v7
+      - uses: actions/setup-python@v7
+        with:
+          python-version: "3.12"
+      - name: Install released checker
+        run: python -m pip install "goal==2.2.0"
+      - name: Verify published stable targets
+        run: goal dependencies --catalog .github/internal-dependencies.json --check > dependency-freshness.json
+      - name: Retain freshness evidence
+        if: always()
+        uses: actions/upload-artifact@v4
+        with:
+          name: dependency-freshness
+          path: dependency-freshness.json
+          if-no-files-found: ignore

.gitignore

@@ -92,3 +92,6 @@ apply-results.yaml
 
 # Environment variables
 .env
+
+# Linked development checkouts
+/worktrees/

.governance/docs.json

@@ -0,0 +1,7 @@
+{
+  "schema": "wellmanifest.docs/adoption/v1",
+  "repository": "semcod/redeploy",
+  "standard": "wellmanifest/docs",
+  "source_revision": "ebe7501063ef4f3e63ded610c2d3183010ca636e",
+  "policy_sha256": "f6ba9c011ea1d9260e7fac3a1638a767d5ebc9f7d9b32ed51cc3aea22fe95d8c"
+}

docs/README.md

@@ -1232,4 +1232,5 @@ pytest
 | `README.md` | Project overview (this file) | — |
 | `examples` | Usage examples and code samples | [View](./examples) |
 
-<!-- code2docs:end -->
+<!-- code2docs:end -->
+- [Aktualizacja i kontrola zależności wewnętrznych](information/internal-dependencies.md)

docs/information/internal-dependencies.md

@@ -0,0 +1,83 @@
+---
+{
+  "schema": "wellmanifest.docs/document/v1",
+  "id": "internal-dependencies",
+  "kind": "information",
+  "version": 1,
+  "title": "Aktualizacja i kontrola zależności wewnętrznych",
+  "status": "implemented",
+  "owner": "semcod/redeploy",
+  "created": "2026-09-06",
+  "updated": "2026-09-06",
+  "review_after": "2026-09-13",
+  "source_revision": "91671e551248177894de1fdc57dfef453e00d85d",
+  "affected_repositories": [
+    "semcod/redeploy"
+  ],
+  "evidence": [
+    "https://github.com/semcod/redeploy/blob/91671e551248177894de1fdc57dfef453e00d85d/pyproject.toml",
+    "https://pypi.org/project/goal/2.2.0/",
+    "https://docs.astral.sh/uv/concepts/projects/dependencies/",
+    "https://docs.github.com/en/code-security/reference/supply-chain-security/dependabot-options-reference"
+  ]
+}
+---
+
+# Aktualizacja i kontrola zależności wewnętrznych
+
+<!-- docs:section purpose -->
+## Cel
+
+Utrzymywać aktualne, przetestowane zależności projektu `semcod/redeploy` przy zachowaniu Pythona 3.11 jako minimalnej wersji aplikacji.
+
+<!-- docs:section scope -->
+## Zakres
+
+Właścicielem lockfile i CI jest `semcod/redeploy`. Katalog [.github/internal-dependencies.json](../../.github/internal-dependencies.json) obejmuje pięć jawnie wskazanych dystrybucji PyPI: costs, goal, pfix, clickmd i code2llm. Audyt sprawdza te z nich, które występują w uv.lock. Nie obejmuje dowolnego pakietu tylko na podstawie nazwy organizacji.
+
+<!-- docs:section evidence -->
+## Dowody
+
+Przed zmianą workflow CI używał uv sync --frozen bez dodatku dev, a późniejsze uv run mogło ponownie rozwiązać zależności. Teraz CI instaluje uv sync --locked --extra dev --extra op3 i uruchamia testy przez uv run --no-sync. Zachowano macierz Python 3.11/3.12/3.13 i oba ustawienia REDEPLOY_USE_OP3. W odczycie PyPI z 2026-09-06 aktualnymi stabilnymi wersjami były costs 0.2.0, goal 2.2.0, pfix 0.1.79 i clickmd 1.1.15; te wersje zapisano w uv.lock.
+
+Testy obejmują tests/ i redeploy/tests/, w tym regresje wykonawcy. Lokalna macierz dała 1568 passed, 17 skipped w każdym z sześciu wariantów; pominięcia obejmują integracje wymagające zewnętrznych usług. Wyniki publikacji i kolejnych kontroli są dostępne w [GitHub Actions](https://github.com/semcod/redeploy/actions).
+
+Przywrócono pełną implementację redeploy/apply/handlers.py z [ostatniej wersji przed wyzerowaniem](https://github.com/semcod/redeploy/blob/d9c7dd873cd2cedb6bb082bf2757661f4f3f3da9/redeploy/apply/handlers.py). [Commit wydania 0.2.80](https://github.com/semcod/redeploy/commit/257a616) usunął jej treść, blokując import aplikacji. Testy CLI korzystają teraz z izolowanego katalogu i jawnych plików wejściowych; testy schematu nie wymagają prywatnego checkoutu c2004.
+
+<!-- docs:section content -->
+## Obsługa
+
+Goal jest narzędziem automatyzacji, bez importów w kodzie aplikacji. Usunięto go z runtime i dodatku dev. Grupa `automation` wymaga Pythona >=3.12 i nie jest domyślnie instalowana z aplikacją ani dodatkiem `dev`. Zastosowano [oddzielny zakres Pythona grupy uv](https://docs.astral.sh/uv/concepts/projects/dependencies/#group-requires-python).
+
+```bash
+uv sync --locked --extra dev --extra op3 --python 3.11
+uv run --no-sync python -m pytest tests redeploy/tests -q
+```
+
+Dependabot codziennie proponuje aktualizację wewnętrznych pakietów w jednym PR. Testy uruchamiają zatwierdzony lockfile na Pythonie 3.11, 3.12 i 3.13. Osobny workflow codziennie oraz po zmianie zależności w PR porównuje lockfile z najwyższymi stabilnymi wydaniami w katalogu; zachowuje raport jako artefakt. Obie automatyzacje można uruchomić ręcznie.
+
+Ręczny audyt używa grupy narzędziowej:
+
+```bash
+uv run --locked --group automation --python 3.12 goal dependencies --catalog .github/internal-dependencies.json --check
+```
+
+Aktualizacja wybranych pakietów:
+
+```bash
+uv lock --upgrade-package costs --upgrade-package goal --upgrade-package pfix --upgrade-package clickmd --upgrade-package code2llm
+```
+
+Po aktualizacji uruchom testy, opublikuj PR, a po jego sprawdzeniu i scaleniu zsynchronizuj środowisko. CI kontroluje też położenie i metadane dokumentacji według wellmanifest/docs 0.1.1, przypiętego do `ebe7501063ef4f3e63ded610c2d3183010ca636e` w `.governance/docs.json`.
+
+<!-- docs:section limitations -->
+## Ograniczenia
+
+Ograniczenie `>=` dopuszcza nowszą wersję, lecz nie zmienia istniejącego środowiska. `uv sync --locked` odtwarza wersje z lockfile. Codzienny PR nie jest automatycznie scalany ani wdrażany. Opóźnienie zależy od harmonogramu, testów i procesu publikacji.
+
+Checker w CI jest przypięty do Goal 2.2.0. Jego aktualizację trzeba wykonać jawnie. Audyt tej wersji porównuje stabilne wersje x.y.z i nie jest pełnym resolverem wszystkich formatów wersji ani kontrolą pochodzenia każdego pakietu. Dokładne przypięcie standardu dokumentacji podlega osobnej, sprawdzanej aktualizacji.
+
+<!-- docs:section next_actions -->
+## Utrzymanie
+
+Sprawdzaj nieudane harmonogramy i zaległe PR-y. Nową dystrybucję dodaj do katalogu dopiero po potwierdzeniu jej właściciela i sposobu wersjonowania. Wyniki przekrojowe rozwijaj w [kanonicznym raporcie subactor/docs](https://github.com/subactor/docs/blob/main/architecture/analysis/internal-dependencies.md). Zwiększ wersję tego dokumentu po zmianie mechanizmu.

pyproject.toml

@@ -18,9 +18,8 @@ dependencies = [
     "httpx>=0.25",
     "rich>=13.0",
     "jmespath>=1.0",
-    "goal>=2.1.0",
-    "costs>=0.1.20",
-    "pfix>=0.1.60",
+    "costs>=0.2.0",
+    "pfix>=0.1.79",
 ]
 license = "Apache-2.0"
 
@@ -30,9 +29,8 @@ redeploy-mcp = "redeploy.mcp_server:serve"
 
 [project.optional-dependencies]
 dev = ["pytest>=8.0", "ruff>=0.4",
-    "goal>=2.1.0",
-    "costs>=0.1.20",
-    "pfix>=0.1.60",
+    "costs>=0.2.0",
+    "pfix>=0.1.79",
 ]
 op3 = ["op3>=0.1.8"]
 mcp = ["mcp>=1.0"]
@@ -82,3 +80,9 @@ max_commits = 500
 
 # Cost thresholds for badge colors (USD)
 badge_color_thresholds = { low = 1.0, medium = 5.0, high = 10.0, critical = 50.0 }
+
+[dependency-groups]
+automation = ["goal>=2.2.0"]
+
+[tool.uv.dependency-groups.automation]
+requires-python = ">=3.12"