From 20266d9bb93c699b0936027ce08a95f10f0bacf0 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 8 Jul 2026 19:12:08 +0000
Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?=EC=95=88=EB=85=95=ED=95=98=EC=84=B8=EC=9A=94!?=
 =?UTF-8?q?=20=EC=97=AC=EB=9F=AC=EB=B6=84=EC=9D=98=20AI=20=EC=BD=94?=
 =?UTF-8?q?=EB=94=A9=20=EC=97=90=EC=9D=B4=EC=A0=84=ED=8A=B8=20Jules?=
 =?UTF-8?q?=EC=9E=85=EB=8B=88=EB=8B=A4.=20=F0=9F=9B=A1=EF=B8=8F=20?=
 =?UTF-8?q?=EB=AC=B8=EC=9E=90=EC=97=B4=20=EA=B2=80=EC=83=89=20=ED=95=A8?=
 =?UTF-8?q?=EC=88=98=EC=9D=98=20=EB=B6=80=EC=A0=95=EC=A0=81=EC=9D=B8=20?=
 =?UTF-8?q?=EC=A1=B0=ED=95=A9=EC=9C=BC=EB=A1=9C=20=EC=9D=B8=ED=95=B4=20?=
 =?UTF-8?q?=EB=B0=9C=EC=83=9D=ED=95=98=EB=8A=94=20=EC=B9=98=EB=AA=85?=
 =?UTF-8?q?=EC=A0=81=EC=9D=B8=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4=ED=84=B0=20=EB=AC=B4?=
 =?UTF-8?q?=EA=B2=B0=EC=84=B1=20=EC=86=90=EC=8B=A4=20=EC=B7=A8=EC=95=BD?=
 =?UTF-8?q?=EC=A0=90=EC=9D=84=20=EB=B0=A9=EA=B8=88=20=EC=88=98=EC=A0=95?=
 =?UTF-8?q?=ED=95=98=EC=97=AC=20=EC=95=88=EB=82=B4=ED=95=B4=20=EB=93=9C?=
 =?UTF-8?q?=EB=A6=BD=EB=8B=88=EB=8B=A4.?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

기존 코드에서는 매치되는 항목이 없을 경우 빈 인덱스(`integer(0)`)를 반환하는 패턴 검색 함수를 `c()`로 묶어 벡터 인덱싱에서 제외(`-c(...)`)하려고 할 때, 의도치 않게 전체 벡터가 삭제되어 `character(0)`이 반환되는 치명적인 결함이 있었습니다. 이로 인해 파라미터 리스트(`IPDParmNames`)가 비워지면서 후속 로직에 오류를 유발할 수 있었습니다.

이 취약점을 해결하기 위해 인덱스 대신 논리값(True/False)을 반환하는 패턴 매칭 함수를 사용하는 방식으로 코드를 리팩토링했습니다. 여러 정규표현식을 하나로 결합하여 부정 매칭(예: `"^(MEAN|COV|ak|d0$)"` 패턴이 아닌 것을 필터링)을 수행하도록 변경했으며, 이를 통해 매치 결과가 없을 때도 벡터가 정상적으로 보존되도록 안전하게 개선했습니다.

이와 함께 해당 취약점에 대한 분석과 향후 예방 지침을 `.jules/sentinel.md` 저널에 꼼꼼히 기록해 두었습니다. 수정된 사항과 관련하여 궁금한 점이 있으시다면 언제든 말씀해 주세요!
---
 .jules/sentinel.md | 6 ++++++
 R/aFIPC.R          | 9 +--------
 2 files changed, 7 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/.jules/sentinel.md b/.jules/sentinel.md
index 75b4a40..ea52ddb 100644
--- a/.jules/sentinel.md
+++ b/.jules/sentinel.md
@@ -17,3 +17,9 @@
 1. Always replace `while (!exists(...))` retries with a bounded `for` loop (e.g., `for (attempt in seq_len(3))`).
 2. Include an explicit check for the success condition inside the loop (`if (exists('model')) break`).
 3. After the loop, verify success and fail securely with an explicit error (`if (!exists('model')) stop(...)`) to prevent unhandled exceptions downstream.
+
+## 2024-07-08 - Data Integrity Loss via Negative Grep Combination
+**Vulnerability:** Filtering vectors in base R using a combination of negative `grep()` results, such as `x[-c(grep("A", x), grep("B", x))]`, wiped out the entire vector when no matches were found. This evaluates to `x[-integer(0)]` which incorrectly returns `character(0)` instead of the original vector, causing unexpected data loss and potentially breaking downstream logic that relies on preserved vectors.
+**Learning:** Avoid using `grep()` combinations with negative indexing for filtering vectors unless strictly checked. Empty match results do not map to "ignore" in vector exclusions.
+**Prevention:**
+Always replace `x[-c(grep(pattern1, x), grep(pattern2, x))]` logic with `x[!grepl("(pattern1|pattern2)", x)]`. The `grepl()` function returns a robust logical vector where `FALSE` can be reliably negated, keeping the vector intact when no elements match.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 2e5ac4a..45a64a1 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -604,14 +604,7 @@ autoFIPC <-
       IPDParmNames <- OldScaleParms$name
       IPDParmNames <- IPDParmNames[!duplicated(IPDParmNames)]
       IPDParmNames <-
-        IPDParmNames[
-          -c(
-            grep("^MEAN", IPDParmNames),
-            grep("^COV", IPDParmNames),
-            grep("^ak", IPDParmNames),
-            grep("^d0$", IPDParmNames)
-          )
-        ]
+        IPDParmNames[!grepl("^(MEAN|COV|ak|d0$)", IPDParmNames)]
       IPDParmNames <- as.character(IPDParmNames)
 
       mirt::mirtCluster()